Makoto Mizuhara está trabalhando em seu mais novo experimento no laboratório de ciência da escola, mas quando ele para um pouco para descansar seu eterno rival Katsuhiko Jinnai aparece e tenta destruir o dispositivo e depreciar Makoto. Isto sobrecarrega o experimento e transporta Makoto, Jinnai, sua irmã Nanami e seu professor Sr. Jujisawa para o mundo magnífico e estranho de El Hazard. Makoto e Fujisawa aterrissam justamente no Reino de Roshtaria, e rapidamente avistam a princesa Rune Venus. Jinnai se alia com os Bugrom, uma raça de insetos gigantes que querem tomar o mundo de El Hazard, enquanto sua irmã tenta sobreviver no deserto. Makoto procura desesperadamente por um jeito de voltar para casa, enquanto luta com os Bugrom, com a ajuda da Princesa Sagrada, e tentam deter o Deus Demônio Ifurita de destruir tudo.